05年にビッグマイナーチェンジを受けたS2000は、型式名もAP1からAP2に変更された。2.2リッターのF22A型エンジンに変更。最高出力は250psから242psへダウンしたが低中速のトルクが向上。スロットルボディにリニアで自然なアクセルフィールを実現するDBW（ドライブ・バイ・ワイヤ）を採用した。
ホンダ S2000 AP2
| 車名/グレード | 生産時期 | 総排気量 | エンジン | ミッション | 駆動 | 車輌価格 |
| S2000 （AP2-100系） | 05/11 〜07/9 |
2,156cc | NA | 4WD | ￥3,780,000 | |
| S2000 TypeV （AP2-100系） | 05/11 〜07/9 |
2,156cc | NA | 4WD | ￥3,990,000 | |
| S2000 （AP2-110系） | 07/10 〜09/6 |
2,156cc | NA | 4WD | ￥3,864,000 | |
| S2000 TypeS （AP2-110系） | 07/10 〜09/6 |
2,156cc | NA | 4WD | ￥3,990,000 |
